Als organist behaalde hij verschillende nationale onderscheidingen: A. Paepen, Verrept- Brouwers, A. Rutzky. Hij was laureaat in de Internationale Orgelwedstrijd van Avila.
Hij concerteerde, vooral als organist, in vrijwel alle landen van Oost- en West-Europa en daarbuiten: België - Nederland - Duitsland - Zweden - Frankrijk - Spanje - Portugal - Italië - Voormalige DDR - Polen - Oostenrijk - Bulgarije - Slovenië - Bosnië - Engeland - Ierland - Luxemburg - Zwitserland - Schotland - Denemarken - Finland - Zuid-Afrika - Filippijnen - Rusland - Brazilië.

Hij nam een vijftiental cd's op waarvan verschillende gunstig onthaald werden in de internationale vakpers.

Naast het orgel bespeelt hij het klavecimbel en hij was één van de eersten om het authentieke harmoniumspel te herontdekken.

Hij publiceerde talrijke artikels over het orgel en geeft orgelmuziek uit.

Jan Van Mol was leraar aan het Koninklijk Vlaams Muziekconservatorium in Antwerpen en is organist-titularis van de Sint-Pauluskerk van Antwerpen. Daar bespeelt hij het historische orgel, misschien het belangrijkste oude instrument uit de Zuidelijke Nederlanden.

Hij geeft voordrachten in het kader van verschillende verenigingen voor cultuurspreiding: Amarant (Gent), Arcademia (Brugge), Davidsfonds (Leuven).

Als stichter en bezieler van Calcant, Antwerpse Orgelvereniging, nam hij talloze initiatieven (orgelconcerten, -reizen, -wandelingen...) waarmee hij het orgel dichter bij het publiek wil brengen.
Hij werd in 2005 te Parijs opgenomen in de "Société académique Arts - Sciences - Lettres".